提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
春节假期经港珠澳大桥“北上”入粤澳门单牌车快速增长******
中新网珠海1月27日电 (邓媛雯 王相国)自“澳车北上”政策实施以来,经港珠澳大桥珠海公路口岸出入境的澳门单牌车数量持续增长,港珠澳大桥边检站27日对外公布,截至27日9时,累计通关数量已突破5200辆次。其中,在春节假期期间,“北上”入粤澳门单牌车增长尤为明显。
港珠澳大桥边检站工作人员正在验放“北上”的澳门单牌车。 王相国 摄港珠澳大桥边检站相关负责人介绍,港珠澳大桥珠海公路口岸是“澳车北上”唯一指定通行口岸。新春假日期间,澳门私家车主入粤旅游、探亲需求集中释放,催生“珠海一日自驾车游”“环珠三角游”等旅游新现象,推动“北上澳车”通行数量高位运行。其中,该站在1月24日、25日单日查验数量连续突破500辆次,刷新“澳车北上”政策实施以来的最高验放纪录。
此外,得益于“澳车北上”宽松的申请条件,入粤创业流、就业流持续增多,在新年换工季、实习季之际,越来越多澳门居民,尤其青年居民得以“低门槛”驾车“北上”寻找工作投资机会,推动通关车辆进一步增长。
该负责人表示,为保障通关安全顺畅,港珠澳大桥边检站持续优化“一站式”通道设备,联同口岸单位增设现场指引,重新规划车道流线,增派现场警力部署,加强对首次入粤澳门私家车主的指引和提醒。
同时,该站积极打通备案信息管理系统互联互通机制,实现旅客备案问题“一事一办”、“专人专办”,并同步增设现场备案点和电话咨询点,为旅客提供便利的办证及咨询服务。
据边检部门预测,随着春节假期结束,利用“澳车北上”政策入境参加融资洽谈、会议展览、置办产业等商务类活动的澳门私家车主将增长较多,单日通关车辆有望在短期内破千。(完)
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